「エックスサーバーからSSLサーバー証明書の更新未完了（自動更新失敗）のメールが届いた」
「サーバーパネルから手動でSSL証明書の設定や更新をしようとしても失敗する」
このような方へ、よくある原因とその対処法を紹介します。
INDEX
サイトにアクセス制限（ベーシック認証）をかけている
サイトにアクセス制限をかけていないでしょうか？
サーバーパネルの「アクセス制限」から対象ドメインのアクセス制限がONになっていないか、確認しましょう。
アクセス制限を使い続けたい場合は、一時的にOFFにして、更新後に再度ONにすればオーケーです。
サイト転送設定（リダイレクト設定）をしている
サイト転送設定（リダイレクト設定）が原因の場合があります。
サーバーパネルから設定を確認し、リダイレクト設定がある場合は、一時的に削除してみるなどしてみるといいかもしれません。
.htaccessにリダイレクトなどの記述がある
.htaccessファイルの記述内容によっては更新が失敗することがあります。（私はこれが一番多い）
.htaccessの記述を確認し、一時的に記述を削除する or コメントアウトするなどしてみると改善するかもしれません。
.htaccessはサーバーパネルからも編集できます。
対象ドメインのDNSがエックスサーバーを参照していない
対象のドメインのDNSが、契約しているエックスサーバーではなく、別のサーバーを参照してはいないでしょうか？
ドメインのDNSレコード設定を確認してみましょう。